"Kościoły lokalne posiadały różne zbiory ksiąg, które uważały za natchnione. Wśród tych zbiorów były umieszczane m. in. listy św. Klemensa czy księga „Didache” (90 r.), a często brakowało Apokalipsy św. Jana (w niektórych rejonach Apokalipsa była poza kanonem aż do IX/X w. – por. greckie manuskrypty NT). Potwierdzają ten fakt zachowane do naszych czasów kodeksy, np. Kodeks Synaicki (z IV w.) oprócz obecnego rzymskiego kanonu zawiera też „List” pseudo Barnaby (130 r.) i „Pasterz” Hermasa (ok. 150 r.), albo Kodeks aleksandryjski (z V w.), w którym znajduje się „List do Koryntian” św. Klemensa.
Najwcześniej powstały katalog (koniec II w.) – katalog uformowany w Kościele rzymskim – zawarty jest w tzw. fragmencie Muratoriego. Uznawał nasz NT z wyjątkiem: Hbr, 1P, 2P, Jk, 3J, ale za to przyznawał miejsce Apokalipsie Piotra i dopuszczał „Pasterza” Hermasa.
Pierwszy oficjalny wykaz 27 ksiąg naszego NT, jako wyłącznie kanoniczny, był sporządzony przez św. Atanazego w 367 r. (!), który to wnet przyjął się w Kościele rzymskim i ostatecznie uznany został na Soborze Trydenckim (1546 r.). Do uchwalenia tej uroczystej deklaracji przyczynili się sami przywódcy Reformacji, a pośród nich sam Luter, który początkowo uważał za niekanoniczne: Hbr, Jk, Jud, Ap. Później Kościoły Reformacji, przejęły kanon NT od Kościoła rzymskokatolickiego, pomimo że inne Kościoły mają różne kanony. I tak np. Kościół etiopski (monofizycki) do NT ma dołączony „1 List” św. Klemensa, tzw. Konstytucje Apostolskie (8 ksiąg) oraz „Pasterz” Hermasa. Kościół Armenii (monofizycki) do kanonu NT wlicza dodatkowo apokryficzny list św. Pawła do Koryntian (3 Kor) oraz dwa listy Koryntian do św. Pawła.
Z kolei jeśli chodzi o kanon ST, to w czasach Chrystusa (i znacznie później) nie istniał jeszcze ostatecznie ustalony i powszechnie obowiązujący zbiór świętych ksiąg, bo różni żydzi (nawet w samej Palestynie, np. żydzi z Qumran, saduceusze) uznawali jego różne wersje. Również Pan Jezus nie podawał autorytatywnego spisu (przynajmniej nic o tym nie wspomina NT), ani wczesny Kościół nie rozporządzał oficjalną listą (Ojcowie Apostolscy posługiwali się szerokim kanonem). Funkcjonował wtedy tylko podział Biblii przejęty od żydów na 3 części: „Prawo, Prorocy i Pisma”, bez całkowitego wyliczenia ilości ksiąg (szczególnie dotyczy to ksiąg z grupy „Pism”).
Stąd nawet autorzy NT powoływali się na treść i tych ksiąg (np. por. cytat z ”Księgi Henocha” w Jud 14), które ostatecznie nie weszły w skład Biblii katolickiej, zawierającej 46 ksiąg (tj. np. o 5 mniej niż jest ich w LXX). Ale chrześcijanie z niektórych Kościołów wschodnich kilka z tych ksiąg (apokryfów) do dnia dzisiejszego uznają za święte. I tak np. Kościół koptyjski (monofizycki) do zbioru 46 ksiąg dodaje: 3 Mch i Ps 151 (z LXX). Kościół ormiański (monofizycki) obok 46 ksiąg do katalogu wlicza dodatkowo: 3 Ezd i 3 Mch (z LXX) oraz „Testamenty Dwunastu Patriarchów”.
Te różnice w kanonie biblijnym (zarówno NT, jak i ST) istnieją dlatego, bo żaden z soborów powszechnych odbywających się w czasie, gdy chrześcijaństwo było jeszcze jednością (tj. do Chalcedonu w 451 r.), nie wypowiadał się autorytatywnie w tej kwestii. Tylko lokalne synody (np. w Laodycei w 360 r. czy w Hipponie w 393 r.) oraz pojedynczy Ojcowie Kościoła podawali różniące się między sobą wersje kanonu Pisma Św., ale te ustalenia nie miały rangi dogmatu (jak w przypadku Soboru w Trydencie). Tak więc po rozłamie chrześcijaństwa każda ze Społeczności (np. nestorianie, monofizyci, prawosławni) podejmowała własne decyzje."